Aastal 2000 toimus Soomaal soode-teemaline seminar. Paari järgneva aasta jooksul osalesid soode ümarlaual esindajad mitmetest organisatsioonidest: keskkonnaministeeriumist, TLÜ ökoloogia instituudist, kaitsealade administratsioonidest, TÜ erinevatest osakondadest, turbakaevandajate hulgast jmt. Kuna aruteluteemasid jätkus, viiski kooskäimine MTÜ Eesti Märgalade Ühingu asutamiskoosolekuni 2001. aastal. Mõned kuud hiljem, 2002. aasta 12. märtsil registreeriti MTÜ Eesti Märgalade Ühing ametlikult.
